Bien, todo tiene sus ventajas y sus desventajas.

Ventajas de usar WordPress sobre WPMU:

Más de 4.000 plugins

Gestión más sencilla

Base de datos, mucho menos pesada.

Compatible con todos los Hostings

Desventajas frente a WPMU:

Un solo Blog

No se puede crear una red social en tu propio dominio con integración total.

Ventajas de WordPress MU, frente a WordPress:

Puedes crear una red social con el conjunto de Plugins BuddyPress

Podéis crear una red de Blogs sin ningún tipo de problemas (si no quieres que los usuarios puedan crear un Blog, lo puedes hacer sin ningún problema)

La apariencia del blog, puede ser idéntica a cualquier otro, con la diferencia que tienes una posibilidad muy superior de Administración y la posibilidad de crear una red social alrededor de tu blog.

Desventajas de WordPress MU frente a WordPress:

Hay menos Plugins, no todos los Plugins son compatibles con WordPress MU (también existen plugins que SOLO son para WordPress MU)

La Administración es un poco más complicada, pero para nada difícil.

No todos los servidores aceptarán WordPress MU (sobre todo en la instalación en subdominios, es decir, que si tienes abierta la posibilidad que tus usuarios creen blogs, estén en el estilo http://blogusuario.tureddeblogs.com

La Base de datos es mas pesada y dificil de manejar.

En un futuro no muy lejano, gracias a la aparición de BuddyPress, mi opinión es que todos los Blogs, que la gente instale en sus servidores, serán WordPress  MU, por la posibilidad de poder crear una red social alrededor del Blog, si no, tiempo al tiempo.

(Existe la posibilidad de Migrar WordPress a WordPress MU, en breve crearé una guia para realizar esta migración, pero ya adelanto, que no es una guia para principiantes.)

También creo que en muy breve tiempo, todos los programadores de Plugins, harán sus plugins compatibles con WPMU